1. Mac Book Pro 

Processor – 2.6GHz Intel Core i7

Memory – 8GB 1600 MHz DDR3

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2. Mac Pro

Processor – 2x 2.26GHz Quad-Core Intel Xeon

Memory – 6GB 1066 MHz DDR3

1번이 랩탑이라 더 편하게 메인으로 쓰고 있는데요 

어떤게 더 좋은 사양인가요? 

xeon은 work station급 processor입니다.
일반적인 사용은 17이 더 빠르다는 느낌이 들 수있읍니다만 많은 data가 걸려 있으면 당연이 xeon 이 막힘없이 처리 합니다.
랩탑은 랩탑일 뿐입니다.
비교하는것이 이상합니다.

윗분 말씀과도 같이, 비교하는 것이 이상하군요. 용도가 다른 기기를 빠르기라는 주관적일 수 있는 잣대로 비교하는 겁니다.
간단히 예를 들면, 버스와 스포츠카가 어느것이 빠른가 비교하는 것과 같은데, 사람을 1명 태우는 가 50명 태우는 가에 따라 답이 다른 것과 같지요.

주된 용도는 3-4개의 OS를 parallels로 한번에 돌리는 것입니다. 각각의 OS안에서는 크게 부하가 걸리지 않는 프로그램을 돌립니다. 솔직히 편한게 더 좋지않나 싶어서 그냥 맥북프로를 메인으로 쓰고있습니다.

일단, 램 확장성 그리고, RAID 등등..

기본적인 것들만 한다면, 포터블한 성능 자체가 메리트가 될 수 있겠네요.

하지만, 윗분들이 말씀하신것처럼, 좀더 기능을 확장하거나 부하가 많이 걸리는 작업을 하신다면, 맥프로가 답인거 같습니다.

3-4개의 오에스를 한꺼번에 돌리신다면, 맥프로가 좋겠네요.