리눅스는 윈도우즈와 다른 파일 시스템을 사용합니다.
아주 단순하고 간단하게 차이를 설명드리자면 윈도우즈는 디스크상에 파일들을 서로 다닥 다닥 붙여놓고 쓰고 지우고 하다보니 자꾸 메모리에 빈공간이 나오고 쪼개지고 하죠. 그래서 시간이 흐를수록 이런 구멍들로 인해 액세스 타임에 영향을 받지만
리눅스는 애당초 파일들을 여러개 쪼개진 디스크상 여러분데 분산 시켜놓고 맘데로 커지고 줄어들고 하게 만듭니다. 하지만 디스크 용량이 거의 다 차게 되면 스스로 디프레그멘테애션 작업을 하는데 어쩌다 한번 그런 일이 발생합니다.
결론 적으로 볼때 리눅스와 윈도우즈는 서로 다른 파일 시스템이라 괜잖다..정도로 이해하시면 될듯