질문에 대한 답은 아니지만,
작년에도 세금보고 하신 듯 한데, 올 해 tax 보고 폼이 1040NR로 하시는게 맞나요 ?
제가 알기로는 NR은 Non-resident 용으로 알고 있습니다.

5년이 지나야 resident로 되는걸로 알고 있습니다.
그전에는 계속 NR로 해야하는 걸로 알고 있는데요.. 아닌가요?

(연중 대부분을 미국에 살고 계시다는 전제 하에) 이미 원글님은 tax 목적상으로는 Resident로 보입니다.
아래 복잡하게 써 있는 원문을 일부 옯겼지만, 요약하면 다음과 같습니다.
A. 현재 년도 미국 거주일
B. 작년 미국 거주일의 1/3
C. 재작년 미국 거주일의 1/6
최소 올 해 31일 이상 거주하고, A+B+C 합이 183일이 넘는다면, Resident (Alien)입니다.
You will be considered a U.S. resident for tax purposes if you meet the substantial presence test for the calendar year. To meet this test, you must be physically present in the United States on at least:
31 days during the current year, and
183 days during the 3-year period that includes the current year and the 2 years immediately before that, counting:
All the days you were present in the current year, and
1/3 of the days you were present in the first year before the current year, and
1/6 of the days you were present in the second year before the current year.
http://www.irs.gov/Individuals/International-Taxpayers/Substantial-Presence-Test

현재 신분이 무엇인지도 중요합니다. 미국에 거주목적을 띄고있는 비자를 가지고 계시다면, 미국거주자로 봐도 무방할 것 같습니다.
f-1비자일 경우는 처음 5년동안은 비거주자로 분류가 됩니다.

2012년 calendar year 부터 새로운 ITIN application 방법이 나왔습니다. 예전엔 쉬웠는데 너무 많은 Fraud applications 때문에 까다롭게 바뀌었죠.

클리어해야할 것들이 있는데..

1. 2012 텍스리턴 이미 파일 하셨나요? 언제 하셨나요? 보낸 주소는? IRS ITIN Unit으로 보내셨나요?
2. ITIN application 에 서류는 어떤 서류 보내셨나요?