제가 비슷한 경험이 있습니다.
원글님과 정확히 같은 상황은 아니지만 일단 제가 내야할 세금을 않내고 않내도 되는 세금을 몇년전에 냈었거든요. 뭐 저도 회계사가 하는 일이니 믿고 텍스 낼거 내고 리턴 받을거 다 받으며 아무일 없이 지내다가 얼마전 회계사를 바꾸면서 우연히 제 서류가 잘못 되있있던걸 발견했네요.

현재 회계사 말로는 일단 몇년전 일이고 기관에서 잘못되었다고 추가 수정을 요구한것도 아니고 제출된 서류가 인정되어 텍스도 리턴 받고 그해 세금보고가 마무리되 다음해로 넘어갔기때문에 굳이 지금와서 서류를 고칠 필요가 없어 보인다고 말하더군요.

영주권 심사시도 세금보고 확인은 영주권 신청자가 적정 (약속된) 임금을 받고 합법적 신분으로 일하고 있나와 세금을 내고 있나 정도의 확인 절차이기때문에 (일일히 이사람이 내야할것을 내고 않내야 할것을 않냈나 조사하는 과정은 아니여서) 크게 문제될것은 없다고 봅니다. 물론 영주권 신청시 내야할 세금을 않낸 경우 나중에라도 내는 경우는 보았는데 이런 케이스는 어떻게 판단해야할지 확실치 않네요.

하지만 원칙에 의거한다면 내야할 텍스는 내는것이 맞기때문에 원글님의 현명한 결정이 필요할것 같네요.

OPT 기간 중 Social security tax 와 medicare tax 를 내지 않은 것이면, 지금 다시 수정을 하지 않아도 별문제가 없을 것 같습니다. 이것은 본인만 내는 것이 아니라, 회사에서도 반을 내는 것이기 때문에, 본인이 지금 내려면, 회사에서도 이것을 수정해서 내야 합니다.

제가 듣기로는 Income tax 와는 달리, Social/Medicare tax 는 일단 지나가면, 별 문제가 없는 것 같더군요. 물론 원칙을 따르지 않은 것이 좋은 것은 아니지만, 영주권에도 영향이 없을 것이라고 생각합니다.

제가 궁금해서 제 회계사 한테 자세히 물어 봤습니다.
한솔 아빠님 말씀처럼 별 영향이 없을듯 하다고 하네요.
일단 파일된후 택스리턴 까지 받으셨으면 Social security tax 와 medicare tax 경우 서류상 별 하자가 없는데 다만 나중에 혜택 (benefit) 을 받을시 OPT기간은 포함이 않된다고 하네요.

다시 말하면 베네핏을 위한 크레딧에는 영향이 가지만 영주권 심사나 다른 서류상 문제는 생기지 않을것이라고 하네요.